BIOINFORMATIKA: Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi

Review dan Pengembangan dari kuliah oleh Bapak Ristiawan Agung Nugroho, S.Pi,Msi [Dosen Perikanan Universitas Diponegoro]

Bioinformatika adalah suatu ilmu sains yang menggabungkan Ilmu Biologi, Ilmu Komputer, dan Teknologi Informasi menjadi satu disiplin ilmu. Ilmu ini mengatur dan menganalisa data-data biologi menggunakan teknik-teknik komputasi tingkat lanjut, tujuannya untuk menemukan dan menyusun pemahaman ilmu biologi baru dan penggabungan prinsip-prinsip biologi yang berbeda.

Penjelasan tentang apa itu bioinformatika juga bisa kita simak lewat video ini

Jenis-jenis software bioinformatika komersial

§  Pathway Analysis Tools 
Digunakan untuk analisis pola, misalnya pola metabolisme

§  StructurePrediction dan Analysis Tools
Digunakan untuk analisis prediksi, misalnya prediksi keadaan lingkungan kedepan

§  SequenceAnalysis Tools
Digunakan untuk analisis sequence, misalnya pengurutan DNA, penentuan urutan basa nukleotida pada suatu molekul DNA

§  SequenceManagemet Tools
Digunakan untuk manajemen sequence, misalnya persilangan gen unggul ikan

§  VisualizationTools
Digunakan untuk pengamatan visual

Hal yang dilakukan dalam Bio Informatika

• Analisis dan interpretasi dari berbagai macam tipe data biologi, seperti: sekuens-sekuens nukleotida, asam amino dan struktur-struktur protein
•  Pengembangan tipe alogaritma dan statistik baru untuk mengakses informasi biologi, seperti keterkaitan spesies antara individu, spesies antar populasi, dbs
• Pengembangan dan penggunaan tools (perangkat) yang efisien dalam mengakses dan mengatur  berbagai macam tipe informasi, seperti bermacam-macam batabase yang terkait dengan pemetaan informasi biologi

“UNIT-UNIT INFORMASI” yang kita olah dengan menggunakan bio-informatics:

DNA	Sekuens	Pathway
RNA	Struktur	Interaksi-interaksi
PROTEIN	Evolusi	Mutasi

PRINSIP BIO-INFORMATICS

Berikut contoh penggunaan bioinformatika dalam budidaya perairan :

ANOTASI GENOM

Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormon pertumbuhan pada ikan gurame.. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/penggandaan dengan bakteri e coli. 

TRANSKRIPTOMIKA

Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNA merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. 

PROTEOMIK

Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLAST untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

JURNAL ini adalah salah satu contoh dari BIONFORMATIKA di BIDANG AKUAKULTUR dengan judul BREEDING PROGRAM PRODUKSI NILA KELAMIN JANTAN DI BALAI BESAR BUDIDAYA AIR TAWAR (BBAT) SUKABUMI

Sumber : 
http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika
Kuliah oleh Bapak Ristiawan Agung Nugroho, S.Pi,Msi [Dosen Perikanan Universitas Diponegoro]

Read more...